2000年(nián )，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进(🌰)行探ccc。在对其进(jìn )行(háng )接(jiē )触实验时，“光(guāng )之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战(🕌)。最后，人类人口减半，地轴偏(🚑)转、气候改变(biàn )(🐖)。根据对“第二次冲击”的(🌚)调查(chá )，联合国在日本箱根成立人工进化(💻)研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研(🧤)究，后GEHIRN利用在人工(gōng )进化研究所下方发现(👣)的巨大(dà )空洞建造了总部。　　另一方(fāng )面，联合国(guó )下属秘密组织SEELE为了使人(💯)类进化，开始实(shí )行人类补完计划，就(🔤)是将所(📸)有人的灵魂(💸)汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使(shǐ )每(měi )个人回归LCL之海。　　(🎦)2004年(nián )，EVA初(chū )号机进行启动试验时(shí )发生事故，碇真嗣的母亲碇(dìng )唯消失，碇源堂开始(🚪)执行“碇源堂版(🐅)本的人类(lèi )补完(wán )计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织(zhī )EVA消灭(🤫)使徒。在NERV与使徒作战的同(🤟)时，碇源堂秘密地执行它自(zì )己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐(🚬)被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不(📦)断恶化。这一矛盾在电视(shì )版中没有得到解决(jué )。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾(🈵)激化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三(😀)次冲击。全人类全(🗒)部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。