2029年，公安九课在市容很像香港的日本城市“新港市”中执行(háng )各种秘密任aaa。九(🔬)课因为不(🥩)顾正当(🎾)程(chéng )序的自作主张，强硬(yìng )行事，往往与政府其他(tā )部门起冲(🎡)突，例如负责外交的公安六课(🐖)就与九(jiǔ )(📞)课不合。另(lìng )一方(fāng )面，九课之中的重要人物，全(quán )身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现(xiàn )状一直隐隐感到不满。有一天，公安(🤸)九课因为(wéi )一件(🙉)外国政要的刺杀(⛏)未遂案(👃)而开始追查神秘的黑客“傀(guī )儡师”。傀儡师能透过网络入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的。虽然九课的追查没(méi )有成功，藏有傀(🈺)儡师的“灵魂”的机械生化人却自行来到九课。公(gōng )安六课随后赶来(lái )(👄)将傀(guī )儡师(🔫)绑走。草薙素子因(🚽)为在事前就推测出六(📤)课(kè )的绑架行动而成功拦截傀儡师。这时发现原(yuán )来傀(guī )儡师并不(bú )是人类，而是公安六课设计来非法操纵人类的电脑程式“2501计划”。2501计划在意外中产生(shēng )自觉意识，决定逃出(😼)六课(🈺)以求生存，并(bìng )且要求和草薙素子的灵(líng )魂“融合”以求进一步发展。草薙素子最后在同事巴特的协助与掩(😓)护下完成融合并且脱离政府掌握，下落不明(míng )，其意(😕)识与整个网(🌄)络融合。